基础医学院是有着良好师资底蕴和优良教学传统的学院。学院始建1993年11月，前身为空军医学高等专科学校基础部。1999年7月，转隶为第四军医大学吉林军医学院基础部，2004年8月吉林军医学院整体移交吉林省独立办学，基础部随之更名为吉林医药学院基础医学院。学院是吉林医药学院集基础医学教育与科研于一体的重要基地，基础医学实验教学中心为省级实验教学示范中心，基础医学和医学细胞生物学现为学校重点培育学科。

学院现有教职员工70人，其中，教授13人，副教授20人，兼职博士生指导教师2人，硕士生指导教师5人。

学院现有省级优秀教学团队2个，省级黄大年式教师团队1个，省级优秀基层教学组织1个，国家级一流本科课程2门，吉林省高校本科在线精品开放课程1门，国家级精品课程1门，省级精品课程9门，国家精品在线开放课程1门。

学院共承担23个本科专业的基础医学理论与实验课程的教学任务，年均教学任务为19000学时。现为本科生开设理论课程35门，实验课程4门。

学院围绕脑感觉和运动调控的基础与临床研究、低压低氧环境与健康干预、肿瘤靶向治疗与转化医学、病原体生物学特性及致病机制、生殖医学基础与应用研究等五个特色优势学科方向，依托科技厅、教育厅等省级重点科研平台开展科学研究工作，对科研项目有组织、有计划地进行培育和指导。

2017年通过国家医学教育认证。学院现为全国科普教育基地，吉林省解剖学会、吉林省神经科学会理事长单位。学院将始终坚持“传承军魂、医德为先、医术为本”，推行“一中心、四导向”人才培养模式，把人才培养质量放在首位，引导学科交叉与融合，逐步推进医理、医工、医文交叉，基础、临床融合的发展模式，为学校特色高水平应用型大学建设而不懈奋斗！